学院有四个本科专业，临床药学、药学、中药学、药物制剂，临床药学五年制，药学、中药学、药物制剂四年制。

临床药学：本专业为安徽省医药复合型人才创新实验区、省级教改示范专业，临床药理教学团队为国家级教学团队，2013年本专业获安徽省振兴计划新专业建设项目支持。学制五年。培养具有扎实的药学、医学专业知识及相关社会科学知识，具有较强的医药学实践和人际交流能力，具有良好的职业道德和人文素养，具有创新、创业精神，能够从事临床药学日常工作、合理用药、正确使用及评价药物治疗、临床药理研究、临床药品管理、药物研究与开发、药品检验、药事管理等方面工作的应用型高层次专门人才与临床药学队伍。

药学：本专业为国家中医药管理局重点学科（2009年），学制四年。培养具备中医药学基础理论、基本知识、基本技能以及相关的药学、中医学等方面的知识和能力，能在中药生产、检验、流通、使用、研究与开发等领域从事标准化中药材生产与鉴定、中药炮制与制剂、中药质量与分析、中药药理与安全性评价及临床合理用药等方面的专业人才。

中药学：本专业为国家特色专业建设点（2008年，国家教育部），学制四年。培养适应我国药学事业发展需要，具备药学学科基本理论、基本知识和一定的实验技能，能够在药学领域从事药物研究与开发、药物生产、药物质量控制、药物临床应用和监督管理等方面工作的药学专门人才。

药物制剂：本专业为2021年新增专业，培养具备药物制剂学及与药学相关的基本理论知识和实践技能，具备剂型及制剂设计、工艺技术设计、质量控制及药物分析等基本能力，能够从事药物制剂的研究开发、生产制备和质量监控和医药企业管理的高级药剂专门人才。